書いてあること
- 主な読者：消費税の税務調査ではどんな点が調べられるのか知りたい経営者、経理担当者
- 課題：税率もUPし、来年にはインボイス制度の導入も控え、今後、消費税の税務調査の重要度が高まる可能性がある
- 解決策：法人税と連動する項目もあれば、消費税固有の論点もある。特に申告義務の判定、仕入税額控除の取り扱いは重点的に調査が行われる
１ インボイス制度で消費税の税務調査が増える？
税務調査の中心は法人税や所得税で、消費税が単独で調査されることはほぼありません。しかし、
2023年10月1日から始まるインボイス制度の影響で、今後は消費税の税務調査の重要度が高まる
かもしれません。インボイス制度とは、
請求書に適用される税率や消費税額などを記載し、適切に相手に知らせるもの
です。ポイントは仕入税額控除です。仕入税額控除とは、「預かった消費税（仮受消費税）」から「支払った消費税（仮払消費税）」を差し引くことです。そして、仕入税額控除を受けられる支払いが、
インボイス発行事業者（「課税事業者」で、かつ適格請求書発行事業者の申請・承認を受けた事業者）に対するものに限定
されます。ここの運用が税務調査で重点的に確認されることがあります。
また、インボイス制度を機に、いわゆる「免税事業者」から課税事業者に変わるケースもあるでしょう。しかし、免税事業者は消費税の申告・納税に慣れていないためミスが生じやすく、この点を税務調査で指摘されるかもしれません。
この記事では、消費税の税務調査で指摘を受けやすい項目や注意点を説明するので、参考にしてください。
２ 本当に「免税事業者」でよいか？
免税事業者は消費税の申告・納税の必要がありませんが、税務調査で実は課税事業者であることが判明するケースがあります。そうなったら、
期限後申告をして、課税事業者であった期間分の申告・納税
をしなければなりません。期限後申告をしたり、納付税額につき決定を受けたりすると、その申告によって納める税金の他に無申告加算税（納付すべき税額に対して、50万円までは15%、50万円を超える部分は20%を乗じて計算）が課されます。
もう一度、確認しておきましょう。消費税の申告義務は、
原則として、基準期間（その事業年度の前々事業年度）の課税売上高が1000万円を超える
場合に生じます。ただし、
- 設立1年目や2年目の会社（基準期間がない会社）
- 売上が急拡大した会社
などの場合は特例の判定方法もあります。
なお、申告義務の有無の判定の詳細は、以下のコンテンツで説明しています。
３ 本当に「仕入税額控除」の対象か？
仕入税額控除の適用については、
- 帳簿および請求書などがしっかり保存されているか
- 非課税取引や不課税取引を課税取引として処理し、仕入税額控除の対象としていないか
が調査されます。以下で、一般的な会社で多く見られる問題を紹介します。
なお、仕入税額控除や、非課税取引・不課税取引の詳細は、以下のコンテンツで説明しています。
1）交際費（祝い金や香典など）
祝い金や香典など、商品やサービスなどの見返りを求めない現金の支出は不課税取引となり、支払った消費税は控除できません。課税取引か不課税取引かは、会計処理システムに入力する際に同時に登録していると思いますが、日々の取引で生じがちな不課税取引については、入力時の注意事項としてメモを残しておくと抜け漏れがなくなります。
2）外注費
従業員やパートに対する給与は不課税取引となり、支払った消費税は控除できません。問題は、自社の従業員以外に対する支払いなどが外注費か給与か分かりにくい場合です。外注費になるか給与になるかは、
請負契約に基づくものか（外注費）、雇用契約に基づくものか（給与）
によって判断されます。外注費は課税取引となり、支払った消費税は控除できます。働き方が多様化している昨今、明確な契約の有無で消費税の判断をするようにしましょう。
3）諸会費
業界団体（同業者団体や組合など）に支払う会費は不課税取引となり、支払った消費税は控除できません。ただし、業界団体が主催するセミナーや講演会に参加するための特別会費は課税取引となり、支払った消費税は控除できます。消費税の取り扱いを取引先ではなく、支出の内容ごとに判断するようにしましょう。
4）旅費交通費（海外出張）
海外出張にかかる旅費交通費（航空チケット代や現地のホテル代・飲食代など）は、免税取引または不課税取引となり、支払った消費税は控除できません。海外出張の場合は、出発前・到着後の支出（国内での支出）と、現地での支出を明確に区分して整理しましょう。
４ 本当に「簡易課税制度」を適用してよいか？
消費税には、小規模事業者だけが適用を受けられる「簡易課税制度」があります。簡易課税制度が適用できるのは、
- 基準期間の課税売上高が5000万円以下
- 期日までに簡易課税を適用する旨の届出書を提出している
の2つを満たした事業者です。
簡易課税制度の適用を受けると、
預かった消費税×みなし仕入率（業種ごとに決められている）
の計算式で仕入税額控除の計算ができます。簡易課税制度の適用を受けるのは事業者の判断です。また、適用を受けるためには、
納税地の所轄税務署長に「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出
する必要があります。
税務調査では、
- 簡易課税制度の適用ができる会社か否か
- 業種によって異なるみなし仕入率の適用が妥当か否か
が確認されます。例えば、製造業として申告していたところ、税務調査で小売業だと判断された場合、申告誤りとなり追加で納税が必要になります。
５ 本当にその「課税売上割合」で正しいか？
課税売上割合とは、
総売上高に対する課税売上高の占める割合
です。課税売上割合については、
- 課税売上高が適正に集計されているか否か
- 課税取引を非課税取引や不課税取引として取り扱っていないか否か
- 以上を踏まえ、課税売上割合が95％以上か未満か
が調査されます。
もし課税売上割合が95％未満だと、課税仕入額の全額控除の対象になりません。注意が必要なのは、その事業年度に土地を売却（非課税取引）したり、住宅の貸し付け（非課税取引）事業を新たに開始したりした場合です。金額が大きい非課税取引があると、売上高に占める課税売上割合が下がり、95％未満になることがあるのです。実際に95％未満となっていると、支払った消費税が一部しか控除できず、納税額が変わる可能性があります。
多額の取引や、スポット的なイベントが生じたときは、消費税のみならず、税金の計算に大きく影響を及ぼす場合があるので、顧問税理士などの専門家に相談するとよいでしょう。
以上（2022年9月）
（執筆 南青山税理士法人 税理士 窪田博行）
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