中小企業が連結納税を導入する際の留意点

連結納税制度とは、100％親子関係（企業が別の企業の発行済株式の100％を保有している関係など）にある企業グループを一つの企業（納税単位）とみなして法人税の申告・納税を行う仕組みです。連結納税を導入するか否かは企業が決められるため、その効果や影響を理解して決定しましょう。

ちなみに、連結納税を導入した企業グループ（以下「連結納税グループ」）の親会社を「連結親法人」、その連結親法人に発行済株式の100％を直接または間接に保有される一定の国内子会社を「連結子法人」といいます（内国法人に限る）。連結納税を導入した場合には、適用対象の子会社を選ぶことはできず、連結子法人に該当する子会社は全て連結納税が強制で適用されます。

なお、2020年度税制改正により、2022年4月1日以降に開始する事業年度から、連結納税制度は廃止され、新たに設立されるグループ通算制度（本稿では詳細な説明は省略）へ自動的に移行されます。グループ通算制度は連結納税制度と異なり、企業グループ内のそれぞれの企業が一つの納税単位となり、企業ごとに申告・納税を行うことになります。ただし、連結納税制度のメリットである企業グループ内の損益通算（詳細は後述）は行われるなど、引き継がれる点と変更される点が多々あるため、改正時の影響を考慮する必要があります。

１　連結納税制度の主な効果～黒字と赤字の相殺～

連結納税を導入した場合、連結納税グループ内のそれぞれの法人（そのグループの親会社およびその親会社に発行済株式の100％を直接または間接に保有される一定の国内子会社に限る）の所得と欠損（税金計算上の利益と損失）を通算して、グループ全体の所得金額を計算し、法人税額を求めます。

例えば、連結納税グループ内に黒字会社と赤字会社が両方ある場合、グループ内の黒字と赤字を相殺できるため、グループ全体の納税負担が軽減されます。つまり、同一グループ内に納税ポジションにある会社（黒字で納税が必要な会社）と、欠損ポジションにある会社（赤字で納税が不要で、欠損金を有する会社）がある場合は、連結納税制度を導入して黒字会社の所得と赤字会社の欠損金を通算させることができるのです。

加えて、連結納税導入時に、連結親法人において自社単体では消化しきれない繰越欠損金（過去分の欠損金で一定期間内のもの）を有している場合には、連結納税では、グループ内の連結子法人の課税所得から、これを繰越控除することが認められています。

２　連結納税の導入に当たっての検討事項

1）子会社が所有する一定の資産を時価で評価する

連結子法人となる子会社は、原則として、連結納税を導入する直前の事業年度末に所有している一定の資産（以下「特定資産」）を、時価評価しなければなりません。

これは、連結納税適用前の期間（以下「単体納税制度期間」）に生じた特定資産に係る含み損益（時価と帳簿価額の差額）を認識し、単体納税制度期間における課税関係を清算した後に連結納税制度へ移行させるためです。この含み損益は、税務申告においてのみ認識されるものであるため、財務諸表には反映されません。

なお、連結親法人に発行済株式の全部を5年超継続保有されている子会社など、一定の事由に該当する子会社（以下「特定連結子法人」）は、上記の時価評価をしなくてよいことになっており、含み損益を認識する必要がありません。

2）子会社が連結納税導入直前に有する繰越欠損金の制限措置

連結納税を導入した場合、原則として、連結子法人となる子会社が連結納税導入直前に有している繰越欠損金は、繰越控除することはできず、切り捨てられます。なお、地方税法（事業税・住民税）においては、切り捨てられることはなく、引き続き繰越控除の適用が認められます。

なお、特定連結子法人が有する繰越欠損金については、切り捨てられることなく、連結納税導入後においても、その特定連結子法人の単体所得（特定連結子法人単体で計算した税務上の利益）を限度として、繰越控除の適用が認められます。

3）みなし事業年度

連結納税を導入した場合、その連結納税グループに属する子会社（連結子法人）は、税務上、連結親法人となる親会社の事業年度に合わせて税務申告を行う必要があります。従って、親会社と決算期が異なる連結子法人については、「税務申告のための決算」と「会社法で定められる決算」を実施しなければなりません。そのため、事務手続きが煩雑となることから、事前に決算期の変更を検討しておくなどの対策が必要です。

なお、親会社と決算期が異なる連結子法人では、連結納税導入直前と導入後において、次の通り、みなし事業年度が生じることとなります。

３　連結納税導入の手続き

連結納税を導入しようとする親会社および子会社は、連結納税の承認申請書を、親会社の納税地を所轄する税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければなりません。また、子会社はその承認申請書を提出した旨の届出書を、各所轄税務署長に提出する必要があります。

承認申請書の提出期限は、最初に連結納税制度を適用しようとする親会社の事業年度開始の日の3カ月前の日までです。

４　連結納税導入による中小企業特例税制への影響

1）中小法人の軽減税率

資本金が1億円以下の法人（以下「中小法人」）においては、所得金額のうち年800万円まで軽減税率を適用することが認められています。単体納税制度ではそれぞれの法人においてその適用が認められていますが、連結納税制度では、連結納税グループ全体で連結所得のうち年800万円までしかその適用が認められていません。従って、連結納税を導入することにより、企業グループで軽減税率が適用できる所得金額の総額が減少するため、納税負担の増加要因となる可能性がある点に留意が必要です。

なお、連結納税制度における軽減税率の適用判定は、連結親法人の資本金で行われるため、その連結親法人の資本金が1億円を超える場合には、連結納税グループ全体で軽減税率が適用されないこととなります。

2）交際費等に係る定額控除限度額制度

中小法人においては、年800万円に達するまでの交際費等については、損金の額に算入することが認められています。単体納税制度ではそれぞれの法人においてその適用が認められていますが、連結納税制度では、連結納税グループ全体で年800万円までしかその適用が認められていません。従って、上記４の1）と同様、企業グループで本制度の適用を受けることができる交際費等の総額が減少するため、納税負担の増加要因となる可能性がある点に留意する必要があります。

また、本制度の適用判定は、上記４の1）と同様に連結親法人の資本金で行われるため、その連結親法人の資本金が1億円を超える場合には、原則として、連結納税グループ全体で支出された交際費等の全額が損金の額に算入されないこととなります。

3）貸倒引当金

中小法人には、「貸倒引当金の損金算入制度」および「一括評価金銭債権に係る法定繰入率」の適用が認められています。これらは、適用を受けようとするそれぞれの法人ごとの資本金の額で判定されるため、その適用可否について、連結納税の導入が影響を及ぼすことはありません。

ただし、同一の連結納税グループに属する会社に対する金銭債権については、貸倒引当金の設定の対象外とされる点に留意する必要があります。

4）欠損金の繰戻し還付

連結納税を導入した場合であっても、連結親法人が中小法人に該当する限り、欠損金の繰戻し還付を適用することができます。なお、「繰戻し還付」または「繰越控除」のいずれを適用するかは、連結グループ全体で統一して選択する必要があります（それぞれの法人が個別にどちらかを選択することは認められない）。

5）留保金課税の不適用措置

中小法人には、留保金課税が課されません。連結納税制度を導入した場合には、連結納税グループ全体で留保金課税が課されることとなりますが、連結親法人の資本金が1億円以下である限り、留保金課税は課されません。

従って、単体納税導入時に留保金課税が課されていた資本金1億円超の子会社については、資本金1億円以下である親会社を連結親法人とする連結納税制度を導入することにより、結果的に留保金課税が課されなくなるといったケースも想定されます。

５　連結納税を導入する場合の留意点

1）増資による影響

上記で述べた通り、連結納税導入後も中小企業特例税制を適用することは認められていますが、その適用に際しては、連結親法人の資本金が1億円以下であることが要件とされています。

連結親法人について、資本金1億円超とする増資を行う場合には、連結納税グループ全体で中小企業特例税制（貸倒引当金を除く）を適用することができなくなるため、事前に十分な検討が必要です。

2）事務負担およびコストの増加

連結納税制度は単体納税制度に比べ、所得計算および税額計算が煩雑であり、かつ、高度な専門性が要求されます。加えて、連結納税グループに属する全ての会社の個別所得計算が終了しない限り、連結納税申告書を作成することができません。導入に際しては、連結納税に関する社内研修、経理業務のスケジュールやフローに与える影響、全社的な税務管理体制（税務情報の収集・計算システムなど）の見直しを事前に検討しておく必要があります。

また、連結納税申告書の作成に当たっては、専用ソフトの選定やその導入コストの検討が必要です。さらに、連結納税制度に精通した税務アドバイザーのサポートが必要な場合もあるので、新たに発生する専門家報酬等の追加コストの検討も欠かせません。

3）連結納税の取りやめ

連結納税の導入は、納税者自らの判断に委ねられていますが、その取りやめは原則として認められていません。従って、一旦導入した場合には、自らの判断で単体納税制度に戻ることはできないので、それを踏まえた上で事前の検討が必要です。

4）M&Aへの影響

近年、中小企業が関与するM&Aは増加傾向にあります。中小企業が買い手として他社を買収する場合、または、売り手として他社に買収される場合においても、選択される買収手段の大半は「株式取得」であるのが現状です。

連結納税を導入している会社が、100％株式取得により他社を買収する場合には、原則として、その買収対象とされる他社が有している資産について時価評価し、含み損益を認識しなければならず、含み益があるとその分、納税負担が増えることになります。また、その買収した他社が繰越欠損金を有している場合には、その繰越欠損金が切り捨てられてしまいます。状況によっては、買収スキームの選定に重要な影響を及ぼす可能性も想定されます。

今後、M&Aを予定しているのであれば、連結納税制度の導入が買収戦略にどのような影響を及ぼすか、専門家を交えて事前に十分な検討をしておくことが大切です。

以上（2020年10月）
（監修　税理士法人AKJパートナーズ　税理士　森浩之）

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