１ 日々の適切な税務処理・判断が何よりの税務調査対策
税務調査とは、会社が行った税務申告の内容に間違いがないか、税務署が確認する手続きです。日ごろから会計・税務のルールに沿って適切に処理していれば、過度に恐れる必要はありません。
ただし、「税務調査が来てから帳簿や領収書を確認すればよい」と考えるのは禁物です。経費として計上した理由や取引の内容をきちんと説明できるよう、日々の経理処理や税務上の判断を適切に行っておくことが、何よりの税務調査対策になります。特に、経営者自身の判断で処理することが多い交際費や役員関連の支出などは、後になって「なぜこの処理にしたのか」が分からなくならないよう注意が必要です。
それでも経営者として気になるのは、「どのような費用が税務調査でチェックされやすいのか」という点でしょう。本稿では、税務調査で指摘を受けやすいポイントを勘定科目ごとに整理します。
２ 勘定科目別にみる 税務調査のポイント
1）売上・仕入・棚卸資産の主なポイント
1.期ずれ
物品の引渡しや役務の提供が完了しているものは、原則、その完了した時点で「売上」として計上する必要があります。これに従わず、請求書が発行された日や売上代金が入金された日で売上計上している場合、税務調査で指摘される恐れがあります。税務職員は、売上計上のタイミングのずれを納品書や在庫表等で確認し、経理処理の誤りを指摘してきます。
また、原則として「仕入」は売上に対応して計上する必要があり、まだ計上されていない売上に対する「仕入」は、決算時には「棚卸資産」として経理処理しなければなりません。
2.売上の除外・仕入の架空計上
税負担は決して軽いものではありません。そういった中で税負担を回避しようと「売上」を意図的に除外、または架空の「仕入」を計上することをもくろむ経営者がまれにいます。税務職員は、反面調査や入金記録等さまざまな観点から調査を行い、巧みに売上除外や架空経費を検出することにたけています。税務調査でこれらが検出された場合、悪質であるとして、本来納める税金から当初納めた税金の差額（不足額）に加えて、重加算税が課されます。
2）人件費の主なポイント
1.役員給与
役員給与は、税務上のルールが厳格に定められています。役員への給与は「定期同額給与」「事前確定届出給与」「業績連動給与」のいずれかに該当しないと、税務上の費用（以下「損金」）として認められません。例えば「定期同額給与」は、原則として会計期間開始の日から3カ月を経過する日までに1回だけ改定することが認められています。この時期以外で役員に対して特別手当の支給や、報酬を改定した場合には、原則としてその改定した額等は、損金の額に算入されません。
2.その他の人件費
経営者の親族等に給料を払うケースはよくあることですが、実際に業務に携わっていない人に支給した給料や、業務に見合っていない高額な給与は損金の額に算入されません。税務調査時には、タイムカードの提示や業務内容の聴取等が行われます。
また、給与は経営者の親族等に限らず雇用している従業員等全てにおいて、一定額を超えて支払う場合、「源泉所得税」を徴収する必要があり、定期的に税務署に納めなければなりません。いくら徴収するかは、給与が支給される者の状況および支払額により決定されます。日雇い等、単発で支払う給与についても源泉所得税を徴収する必要があります。徴収していない場合、税務調査時において源泉徴収義務違反として指摘されます。
3）販売費及び一般管理費の主なポイント
1.交際費
交際費は損金として扱うことに対して、一定の制限が設けられています。会計上は交際費として経理処理していなくても、支出の内容が、接待・供応・慰安・金品贈与等に該当すると認められる場合には、税務上の交際費として取り扱われます。
また、交際費のうち、「社外の者との飲食その他これに類する行為のために要する費用」に該当する場合は、帳簿書類で次の事項を記録しておく必要があります。
- その飲食があった年月日
- その飲食に参加した取引先・得意先の氏名や名称と接待側との関係
- その飲食に参加した者の数
- その飲食の支払金額と支払先の名称および所在地
- その他飲食費であることを明らかにするために必要な事項
2.修繕費
保有する固定資産等を修理して多額の出費があった場合、費用ではなく、資産として計上しなければならないケースがあり、これを資本的支出といいます。具体的には、固定資産の価値を高め、または、耐久性が増すことになると認められる部分がある場合は、資本的支出として資産計上しなければなりません。資本的支出に該当する場合、減価償却資産として、適正な耐用年数に従って毎期償却します。
3.退職金
退職金を支給した場合には、退職金を受給した従業員から「退職所得の受給に関する申告書」を受領しておく必要があります。これを受領することにより、退職金に対する源泉徴収税額の優遇措置が適用されます。もし、受領していない場合は、一律20.42％（復興特別所得税含む）の税率による源泉徴収を行う必要があります。なお、受領した申告書は税務署への提出は不要で、会社で保管します。
4.役員の個人的支出
会社の事業に関係のない個人的な支出は、損金として認められません。また、役員の支出した経費が、税務調査により個人的な支出であると指摘された場合、その支出が損金として認められないだけでなく、その役員に対する給与（賞与）であると指摘される恐れもあります。この場合、会社において源泉所得税の徴収漏れを指摘される他、その役員の所得税・住民税について追徴課税が行われることになります。
4）固定資産の取得、売却に関連する主なポイント
固定資産を取得した場合、その取得代金の他、取付工事費用や運搬費等の付随費用も、資産の取得価額（資産に計上する価額）に含まれる点に留意しましょう。また、耐用年数が適正に定められているか、償却方法に誤りはないか、減価償却が事業の用に供した日から正しく実施されているかという点も、税務調査の対象とされます。
固定資産を売却する場合、売却価格は時価とする必要があります。第三者へ売却する場合には、明らかな寄附・受贈の意思がない限り、通常、取引当事者間で交渉して決定される価格が時価として認められます。一方、グループ法人や親族等の同族関係者間で行われる売買については、取引価格を決定する過程において恣意性が働きやすいことから、その売買価格の妥当性が税務調査の対象とされます。
5）ソフトウエア、研究開発に関連する主なポイント
支出した金額が税務上の研究開発費（試験研究費）に該当する場合は、その支出金額は支出した時点で損金として取扱われます。
ソフトウエアの制作に要した支出であっても、税務上の研究開発費に該当する場合は、支出した時点で損金として取扱われます。それ以外のソフトウエアの制作に要した支出は固定資産に該当し、自社で制作した場合は、原材料費だけでなく労務費や間接経費も取得原価を構成します。
実務上、税務調査で無用な疑義を持たれないよう、開発しているソフトウエアごとにプロジェクトコードを付し、プロジェクトごとに開発フェーズ（研究→開発→製造）を分け、支出したコストをプロジェクト別および開発フェーズ別に配分し、適正な原価計算が行われる管理体制を構築しておくことが重要と考えられます。
３ 税務調査時の最近の傾向や、経営者の心構え
近年は税務調査のデジタル化が進んでいます。国税庁では、これまで申告・納税などの情報を管理する「KSK（国税総合管理）システム」を運用していましたが、2026年9月には次世代システム「KSK2」へ刷新されています。KSK2では、これまで税目ごとに管理されていた法人税、所得税、相続税などの情報を横断的に確認できるようになる他、金融機関などへのオンライン照会や外部から得た情報の取り込みも可能になるとされています。
さらに、国税庁ではすでにAIやデータ分析を活用して、税務調査の必要性が高い法人などを選定する取り組みも進めています。KSK2の導入によって利用できるデータが増えれば、申告内容だけでなく、会社や経営者を取り巻くさまざまな情報を組み合わせて調査対象を選定する動きが、より進む可能性があります。
こうした環境の変化を踏まえると、「税務調査が来てから確認すればよい」と考えるのではなく、日ごろから適切な経理処理を行い、取引の内容や経費の根拠を説明できる状態にしておくことが、これまで以上に重要になっています。
以上（2026年11月更新）
（監修 税理士法人AKJパートナーズ 税理士 森浩之）
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画像：ChatGPT
